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Phenome-french plant phenotyping network

MCP2 - Système d’information distribuée

Bio-informatiques pour le phénotypage

Responsables: Pascal Neveu (MISTEA) et Cyril Pommier (URGI)

Objectifs 

Ce projet méthodologique a pour objectif de développer un système d’information distribué basé sur des instances de PHIS et d’autres outils de base de données sur chaque nœud de Phénome et liés entre eux via la Breeding API, ce système étant requeté et publié grace à GnpIS-Ephesis. Il est voué à l’intégration, le partage et le stockage des données de l’infrastructure. Ce projet méthodologique aura à sa charge la coordination et la standardisation de l’ensemble du système de nœuds de PHENOME pour établir le lien avec les datacenters.

Il s’agira :

- D’installer et mettre en œuvre le système dans chacun des nœuds du projet (uniformisation) pour que les applications développées dans les autres projets méthodologiques (MCP1 et MCP3) puissent être implantées facilement dans tous les nœuds de PHENOME

- De développer un archivage « longue durée » en s’appuyant sur les datacenters que l’INRA met en place à Toulouse et en Ile de France.

Plan de travail

Les taches à assurer sont:

  • L’inventaire des nœuds a été dressé, et les besoins en serveurs informatiques entamé.
  • Structurer et gérer le Datacenter
  • Assurer le développement et le déploiement d’une solution de base de données locale, PHIS ou autre, sur Chacun des noeuds.
  • Assurer l’interopérabilité entre les nœuds via les ontologies et le système identification sélectionné, via un système de Web Services compatibles Breeding API et navigables et requètables à travers GnpIS-Ephesis.

Publications

  • Neveu P., Tireau A., Hilgert N., Nègre V., Mineau-Cesari J., Brichet N., Chapuis R., Sanchez I., Pommier C., Charnomordic B., Tardieu F., Cabrera-Bosquet L. (2018) Dealing with multi-source and multi-scale information in plant phenomics: the ontology-driven Phenotyping Hybrid Information System. New Phytologist [online] URL: http://dx.doi.org/10.1111/nph.15385 
  • Dzale Yeumo E., Alaux M., Arnaud E., Aubin S., Baumann U., Buche P., Cooper L., Ćwiek-Kupczyńska H., Davey R.P., Fulss R.A., Jonquet C., Laporte M.-A., Larmande P., Pommier C., Protonotarios V., Reverte C., Shrestha R., Subirats I., Venkatesan A., Whan A., Quesneville H. (2017). Developing data interoperability using standards: A wheat community use case. F1000Research 6:1843. URL: http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.12234.1  
  • Adam-Blondon A.-F., Alaux M., Durand S., Letellier T., Merceron G., Mohellibi N., Pommier C., Steinbach D., Alfama F., Amselem J., Charruaud D., Choisne N., Flores R., Guerche C., Jamilloux V., Kimmel E., Lapalu N., Loaec M., Michotey C., Quesneville H. (2016). Mining Plant Genomic and Genetic Data Using the GnpIS Information System. In: Methods in Molecular Biology. Springer New York, pp 103–117. URL: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-6658-5_5
  • Pommier, C.; Alaux, M.; Letellier, T.; Michotey, C.; Cornut, G.; Lebreton, A.; Labernadiere, M.; Laine, M.; Arnaud, E.; Adam-Blondon, A-F.; Quesneville, H. (2016). GnpIS-Ephesis, the phenotypic data integration platform for INRA networks experimental data – data discovery and dataset building use cases. Abstract presented at: XXIV Plant and Animal Genome Conference. San Diego, CA (USA) 9-13 Jan 2016. http://hdl.handle.net/10568/78780