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Phenome-french plant phenotyping network

MCP3 : PHENO-MATH-INFO : Méthodes et outils pour analyser les données du phénotypage haut débit

Responsable: Nadine Hilgert (UMR MISTEA)

Contributeurs : MISTEA – I3M - VIRTUAL PLANT – tous les partenaires associés aux plates-formes

Objectifs

Les plates-formes de phénotypage génèrent de grandes quantités de données, acquises dans le temps, sur des centaines/milliers de plantes et leur environnement. Valoriser et exploiter ces masses de données est un défi pour produire de nouvelles connaissances en biologie. L’objectif de ce MCP est de construire une nouvelle méthodologie d’analyse de ces données, pour en extraire des caractéristiques génotypiques pertinentes. Il s’agira de fournir des outils dédiés à un traitement systématique des données, en combinant des méthodes de l’informatique, de la modélisation mathématique et de la statistique.

 

Plan de travail

Trois axes de recherche sont pour l’instant dégagés.

Dans l'axe 1 « Annotation de données : nettoyage, validation et lissage », nous développerons des méthodes pour nettoyer et valider de grands jeux de données en mimant automatiquement le raisonnement des experts biologistes.

Dans l'axe 2 « Analyses statistiques de courbes de données temporelles », nous proposerons des méthodes intégratives capables de décrire la structure des données, acquises dans le temps et à différentes échelles, avec des effets fixes (non aléatoires) pour modéliser les facteurs environnementaux, et des effets aléatoires individuels et génotypiques.

Enfin, l'axe 3 « Phénotypage par modèle assisté pour la détermination de variables héritables » est dédié à l'estimation de variables ayant du sens du point de vue physiologique ou écophysiologique. Il s'agira de combiner en simulation les modèles issus des données de l'axe 2 avec des modèles mécanistes.

 

 

MCP3 1

Axe 1 de recherche: Prétraitement des données

 

MCP3 2

Axe 2 : Analyse des données « courbes »