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Phenome-french plant phenotyping network

UR1164 - Unité de recherche en génomique et bioinformatique (URGI)

L'unité de recherche Génomique-Info, créée début 2002, a les objectifs suivants :

  • la conception, développement et mise en oeuvre d'un système d'information génomique pour la biologie végétale à l'INRA ;
  • le développement des bases de données et interfaces d'accès à celles-ci, l'intégration des données, la mise en place de pipelines pour l'analyse des données à haut-débit, l'installation d'outils d'analyse à l'usage des biologistes ;
  • la conduite de recherches sur la dynamique et l'évolution des génomes ;
  • l'exploitation et support de l'environnement développé pour aider les équipes qui produisent ou analysent les données de génomique ;
  • la veille technologique dans le domaine de la bioinformatique ;
  • la dissémination de l'information et de l'expertise vers les différentes équipes de l'INRA et la participation à la coordination des activités nationales dans ce domaine.

L'unité travaille aujourd'hui principalement sur les thématiques suivantes :

  • annotation des génomes et intégration de ces données
  • intégration, analyse et annotation haut-débit des données d'ESTs et de séquences génomiques
  • intégration et analyse des données de cartographie
  • intégration et analyse des données de transcriptome issues des puces à ADN
  • intégration et analyse des données de polymorphisme et de variabilité allèlique (SNPs)
  • intégration et analyse des données de protéome ;
  • intégration des données sur les collections de ressources génétiques